2018年33期

2016—2017年我国部分地区白斑综合征病毒wsv006的变异分析

作  者 蔡苗,刘庆慧,万晓媛,黄倢
第一作者 蔡苗
作者单位 中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东青岛
卷  号 46
发表年份 2018
发表刊期 33
发表页面 75-79,103
关  键  字 WSSV;wsv006;变异,
摘  要 [目的]了解wsv006蛋白结构变异情况,并进一步为其蛋白功能研究提供参考资料。[方法]以2016和2017年在全国18个地区采集的WSSV阳性样品为模板,采用PCR方法,用特异性引物扩增wsv006基因,经连接转化后进行测序,并对测序结果进行分析。[结果]在2016年的47 份样本中有9个样本,包括河北黄骅、山东日照、河北沧州和河北唐山4个地区的样本中出现了wsv006目的条带,检出率为19%。在2017年的39 份 WSSV 阳性样本中有16个样本,包括福建霞美镇、河北黄骅、广东湛江、山东滨州、山东东营和上海6个地区的样本中出现了wsv006的目的条带,检出率为41%。氨基酸序列比对结果显示,扩增的wsv006编码氨基酸变异包括氨基酸替换、插入、缺失和提前终止翻译,其中插入的主要是脯氨酸(P)和苏氨酸(T),插入位点在第151~166位,处于PT的交叉重复区域;终止翻译是由于核苷酸第541位插入了GAGG,在转录过程中形成了终止密码子。[结论]wsv006氨基酸序列存在明显变异。
附  件 2016—2017年我国部分地区白斑综合征病毒wsv006的变异分析
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