2019年12期

水稻WRKY转录因子家族的生物信息学分析

作  者 王鹏洋,曲姗姗,梁 源,付泽元
第一作者 王鹏洋
作者单位 东北林业大学生命科学学院
卷  号 47
发表年份 2019
发表刊期 12
发表页面 123-126
关  键  字 水稻;WRKY转录因子;生物信息学;系统进化树
摘  要 [目的]对水稻WRKY转录因子家族成员进行生物信息学分析,为进一步研究水稻WRKY转录因子的功能提供依据。[方法]从NCBI网站下载水稻全基因组序列,利用CDD、Blast、MEME、MEGA、ProtParam等在线工具或本地软件筛选WRKY家族成员,对所得WRKY家族成员的理化性质、系统进化亲缘关系、保守元件等项目进行生物信息学分析。[结果]共从水稻基因组中鉴定筛选出65个WRKY家族成员,每一个成员中都具有WRKYGQK的保守元件,除此之外还有一个保守锌指结构的元件存在。利用MEGA对所得WRKY家族成员进行聚类发现,65个WRKY家族成员可以分为A、B、C、D、E 5类,其中A、B、C、D 4类的亲缘关系较近,可以聚为一类;而A类相对亲缘关系较远,认为A类成员可能是长期进化过程中被保留下来的较为原始的一类。[结论]该研究较系统地鉴定了水稻WRKY家族,为进一步研究水稻WRKY转录因子功能和互作关系提供参考。
附  件 水稻WRKY转录因子家族的生物信息学分析
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