2018年24期

基于家蚕中肠RNA-seq数据的新基因发掘及初步分析

作  者 周凯月, 唐健, 李玉霞, 郝长富, 徐安英
第一作者 周凯月
作者单位 江苏科技大学生物技术学院,江苏镇江
卷  号 46
发表年份 2018
发表刊期 24
发表页面 60-64
关  键  字 转录组测序;新基因;序列比对;功能分析,
摘  要 对前期获得的家蚕中肠组织转录组数据进行进一步生物信息学分析,利用Cufflinks软件对Mapped Reads进行组装,并与参考基因组注释信息进行比对,共发掘新基因788个。利用Blast软件将发掘的新基因与NR,Swiss-Prot数据库比对,其中746个新基因得到功能注释。这些新发掘基因在家蚕28个连锁群上都有分布,其中在第15连锁群上最多。有198个新基因注释到KEGG数据库中,分布于85条已知的通路中,将新基因与COG数据进行比对,并进行功能注释与分类,总共有258个新基因得到了注释,被分为22个COG类别,部分新基因的克隆分析,与预期结果一致,这些发现为以后进一步研究新基因的功能提供了基础信息。
附  件 基于家蚕中肠RNA-seq数据的新基因发掘及初步分析
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